Conform pisaniei, actuala biserica a manastirii Hlincea, situata la circa 3 km sud-vest de manastirea Cetatuia, a fost zidita prin hotararea domnitorului Vasile Lupu si terminata de fiul sau, Stefanita, la 20 noiembrie 1660. Biserica este construita din piatra si caramida, in stil moldovenesc, in plan triconc, cu trei abside semicirculare, fiecare avand cate o fereastra alungita, terminata in arc frant. Pictura a fost realizata de catre pictorul Ioan Matei, in perioada 1659-1660, in culori de verde pal, rosu brun, rosu de minium.

In perioada razboiului ruso-turco-austriac (1788-1792), precum si intre anii 1806-1812 (odata cu invadarea orasului Iasi de catre trupele rusesti), manastirea Hlincea a servit ca spital militar. In 1831, in timpul primei epidemii de holera, aici au fost izolati bolnavii adusi din Iasi. In 1848, in timpul holerei mari, manastirea a fost transformata in lazaret, iar spatiul din jurul ei a fost destinat inhumarii mortilor din Iasi. (Detalii si poze)